• Restaurer la totalité du réseau hydrographique altéré (Drugeon et affluents).
   

• Restaurer la morphologie et les fonctionnalités du Drugeon.

• Améliorer la qualité de l’eau.

À partir des années 1990, la prise de conscience des dégâts écologiques par les acteurs locaux, naturalistes, pêcheurs, universitaires et agents du ministère de l’environnement, permet la mise en place d’un programme Life « Sauvegarde de la vallée du Drugeon » entre 1993 et 1997. Ce programme vise la restauration, la préservation et la gestion intégrée des espaces et des espèces. Le Life est porté par la communauté de communes du plateau de Frasne et du val du Drugeon. Suite au Life, des travaux en rivière se poursuivent dans le cadre d’un programme pluriannuel non-contractuel.

En fonction des possibilités d’intervention (fonciers, aspects sociaux et enjeux biologiques) différentes stratégies d’actions sont menées ;
• aux sources du Drugeon, les aménagements consistent à diversifier les écoulements par l’ajout de rugosité et de caches ;
• sur le Drugeon amont, où les anciens méandres court-circuités n’ont pas été comblés, un remblaiement total du lit rectiligne et la reconnexion des méandres sont opérés. Aucune protection végétale n’est utilisée, hormis aux intersections entre chenal rectifié et méandres où des fascines de saule sont utilisées ;
• sur le Drugeon moyen, de nombreux méandres sont reconnectés et recréés ; le lit rectiligne est comblé. Sur d’autres secteurs, les anciens méandres sont remis en eau mais le lit rectifié reste actif. Un ouvrage répartit l’eau entre le méandre et le lit rectifié ;
• sur la basse vallée du Drugeon, jusqu’à la confluence avec le Doubs, les usages (lotissement en zone inondable, exploitation agricole) ne permettent pas de réemprunter l’ancien tracé. Un décaissage des berges rend possible la création d’un lit moyen et d’un lit d’étiage. Ce dernier est jalonné de risbermes, de blocs et d’épis. Parallèlement, une recharge et un rehaussement du lit en petits graviers et en galets issus du décaissage des berges sont réalisés.

Déclaration d’Intérêt Générale
Déclaration d’Utilité Publique
Nomenclature Eau (installations, ouvrages, travaux et activités)

Hormis la surveillance des ouvrages et leur entretien si besoin, aucune mesure de gestion particulière n’est mise en place.

Un état initial de l’état rectifié est réalisé. Il prend en compte les potentialités biologiques du milieu, les caractéristiques du milieu physique et les contraintes anthropiques. Un suivi des compartiments physique et biologique post-travaux est réalisé. Chaque tronçon réhabilité est suivi pendant au moins six ans à N+1, N+2, N+3 et N+6. Ces suivis sont réalisés par la communauté de communes et l’Onema et concernent les compartiments suivants :
• hydrologie et piézométrie (relevé toutes les deux semaines) ;
• morphologie et hydrodynamique (indice d’attractivité morphodynamique) ;
• thermographie (21 sondes thermiques sur le cours d’eau mesurant à chaque pas horaire et relevé chaque année) ;
• physico-chimie (analyse classique et suivi des proliférations algales) ;
• ichtyologie et astacologie (pêche électriques sur trois à cinq stations par an, référence prospectée chaque année) ;
• hydrobiologie (MAG20, IBGN).

Les aménagements et la mise en place d’une gestion environnementale améliorent l’hydrosystème Drugeon. Depuis 1997, les travaux permettent de regagner 7 km de méandres et environ 300 ha de zones humides et de pelouses sèches sont réouverts.
Les suivis montrent une amélioration de la qualité des habitats du cours d’eau. La qualité habitationnelle varie en fonction des techniques de restauration utilisées. Elle sera maximum dans les cas de reméandrage et plus limitée lorsqu’il s’agit de diversification. Concernant les populations de poissons et d’invertébrés, les résultats sont aussi positifs (certains tronçons arrivent à nouveau à atteindre 19 à 20 d’IBGN), mais ne sont pas encore optimaux sur certains secteurs. Des anomalies concernant la répartition des espèces sont observées laissant suspecter des pollutions diffuses, notamment par des produits phytosanitaires (traitement du bois, ballast du réseau ferré, traitement communal et privé des chaussées et espaces verts...), confirmées par des mesures physico-chimiques. Des mesures pour les traiter sont engagées ou en cours de définition.
Les résultats piézométriques montrent que la nappe s’est rehaussée de plusieurs dizaines de centimètres immédiatement après les travaux. Sur le Drugeon amont et moyen le rehaussement peut atteindre 70 à 80 centimètres.
Les suivis thermiques montrent, après plusieurs années que la température estivale n’augmente pas, mais sans rafraîchissement notable instantané : la création du nouveau lit et l’absence de végétation suite aux travaux ne permet pas l’amélioration immédiate du régime thermique.
La diversité des techniques utilisées et l’importance des suivis permettent de tirer de nombreux enseignement de cette expérience :
• les interventions modérées aux zones de sources et à la confluence limite la restauration du régime thermique originel, ce qui peut expliquer en partie (en plus des problèmes de pollution) la plus faible recolonisation du secteur médian par la truite ;
• le surcreusement des méandres doit être très limité, il est préférable de sous-dimensionner le lit et de choisir un gabarit rectangulaire. Cela permet des réajustements du lit du cours d’eau qui seront réalisés par la dynamique fluviale ;
• l’oblitération du chenal rectiligne doit prendre en compte le tassement des matériaux pour éviter à l’ancien chenal d’être emprunté lors des crues et utiliser des bouchons marneux ;
• etc.

Le projet de restauration du Drugeon prend en compte les usages de la vallée. La DUP réalisée était nécessaire en cas de refus des propriétaires mais n’a jamais été utilisée, car la collectivité souhaitait une adhésion de la population au projet. Les actions menées résultent d’un compromis entre enjeux biologiques, agriculture et activités de loisirs (pêche). La population, associée au projet, est globalement satisfaite des résultats.
Le bilan financier montre que le coût de la restauration est du même ordre que les dépenses engagées pour la rectification du réseau hydrographique.
Depuis 2003, le site est inscrit au réseau des sites Ramsar. En 2004, un arrêté préfectoral de protection du biotope sur 3 000 hectares de zones humides est pris.
Les actions induites dans le cadre de Natura 2000 permettent aujourd’hui de conduire une gestion à plus ou moins long terme. Les nouveaux travaux vont davantage être orientés vers la poursuite de l’amélioration de la qualité de l’eau par le raccordement des eaux usées domestiques, le renouvellement des réseaux et la maîtrise des pollutions d’origine agricole.